Kako su se maliciozni baloni pojavili iznad mirnog gradića i zašto su odlučili da se spoje sa oblacima, uopšte nije bitno (verujte da postoji neka pozadinska priča o smutljivcima i zlikovcima). Važno je da znate da ih morate uništiti pre nego što se spuste na zemlju, i to tako što ćete u njihovom pravcu ispaljivati balone različitih boja. Kada oformite niz od tri ili više balona iste boje oni uz prasak nestaju, a vi nastavljate sa čišćenjem.

Istovremeno se ispaljuju po dva balona, s tim što je moguće uticati na njihov položaj tako što ćete ih rotirati za po 90 stepeni. Takođe, tokom igre ne stojite na jednom mestu, već se možete kretati levo-desno i na taj način pratiti promenu položaja balona-ubica. Par balona koji nailazi nakon onih koje držite u rukama naznačen je, kako biste mogli da planirate po potez unapred, a tu su i brojni bonusi koje možete osvojiti i tako olakšati igranje. Na primer, balone možete gurnuti nagore, ispaliti oštre strelice itd. Na početku igre imate čak i izbor vođenja jednog od četiri različita lika koji se međusobno razlikuju po brzini kretanja, intezitetu ispaljivanja balona, ali i specijalnim moćima.

Pop ’N Pop sadrži tri različita igračka režima. Puzzle mod je osnovni i predstavlja neku vrstu kampanje sastavljene od ukupno 21 nivoa. S druge strane, u direktnom obračunu možete proveriti sposobnost uništavanja balona protiv jednog ljudskog igrača (ekran se tada deli po vertikali na ravne časti), odnosno AI rutine.