Odvojena /boot particija bi bila poželjna u slučaju da koristiš enkripciju ili ako bi imao diskove u RAID-u, onda bi svakako bila dobra ideja. Generalno, bolja je optimizacija fajl sistema jer su stvari razdvojene ali praktično nije neophodno.
A što se setupa tiče, ne bih stavljao /home na HDD iz prostog razloga što je sigurnija na SSD-u kakvi su hardovi u poslednje vreme a i retko zauzima puno prostora. Znači, /, /home i swap (ako bi da koristiš hibernaciju na SSD-u ili nemaš više od 4GB RAM) na SSD. Taj disk od 500 bi mogao biti samo particija za skladištenje i ništa više.