Na FAT32 particijama postoje primarna i sekundarna FAT tabela koje opisuju strukturu fajl sistema i lokacije fajlova. Sekundarna služi da cela particija ne bi postala neupotrebljiva ako se primarna tabela ošteti, a ako se primarna i sekundarna ne poklapaju, tada iskače "scan and fix" jer to Windowsu sugeriše da je disk iščupan pre nego što su se izmene sinhronizovale (zato služi komanda "safely remove hardware").
Proveri takođe da na particiji iz nekog razloga nije setovan "dirty" flag koji uzrokuje da Windows stalno traži proveru:
https://www.partitionwizard.com/clon...dirty-bit.html