Upravo sam (sličan) problem riješio sebi
Posle updejeta Ubuntu-a 12.04 numlok mi nije radio i jako je svijetlio ..etc.. čak nisu nu strelice radile (4 za lijevo ..) a kad pritisnem taster 5 iskoci kao da sam pritisnuo desni klik miša.
Rešenje je bilo da isključim u Universal Acess-u opciju da tastatura upravlja mišom(pointer).
Provjeri kod tebe ovu opciju , evo objašnjenje pod opcijom "Mouse Keys" :
http://www.linuxtopia.org/online_boo..._personal.html